Klasyfikator molekularny do prognozowania przyszłej utraty przeszczepu w biopsjach przeszczepu nerki czesc 4

Jednak maksymalna dokładność uzyskiwana przy użyciu wyniku ryzyka była znacznie większa niż przy białkomoczu (P = 0,001). Faktycznie, użycie obecności białkomoczu jako progu doprowadziło do mniejszej dokładności (tj. 0,69) niż rozkład zerowy (dokładność, 0,71) (tj. Zgadywanie, że wszystkie próbki przeżyły). W przeciwieństwie do tego wszystkie progi punktacji ryzyka większe niż 0,0 dawały wyższe dokładności niż rozkład zerowy. Ryc. 5 Krzywe ROK oceny ryzyka molekularnego w porównaniu z cechami klinicznymi i histologicznymi. (A) Aby ocenić czułość i swoistość klasyfikatora molekularnego w porównaniu z cechami klinicznymi, porównaliśmy krzywą ROC uzyskaną na podstawie wyniku ryzyka molekularnego ze zmiennymi znacząco powiązanymi z utratą przeszczepu w analizie wieloczynnikowej. AUC jest wskazane dla każdego parametru. (B) Dokładność (całkowite prawidłowe przewidywania / próbki całkowite) dla różnych progów progów ryzyka dla przewidywania niepowodzenia przeszczepu. Linia przerywana przedstawia dokładność, gdy obecność białkomoczu została użyta jako pojedynczy próg do przewidywania niepowodzenia. Linia przerywana to dokładność, kiedy przewiduje się, że wszystkie próbki przeżyją. ah, hialinoza tętniczek. Solidność wyników klasyfikatora Pojedyncze klasyfikatory genów. Oceniliśmy siłę przewidywań z prostych pojedynczych klasyfikatorów genów, opartych wyłącznie na wartościach ekspresji najwyżej ocenionych i 100-tych, 500-tych i 5 000-go rankingu genów w każdym zestawie treningowym (Supplemental Figure 3). Prognozy z pojedynczych genów, nawet tych, które nie znajdowały się na szczycie listy rankingowej genów, były bardzo podobne do tych wykorzystujących pełny model PCA. Ryzyko utraty przeszczepu można zatem odpowiednio przewidzieć za pomocą dowolnego z wielu genów. Wynika to z wysoce skoordynowanych zmian w ekspresji wielu tysięcy genów. Zastosowanie klasyfikatora do niezależnego zestawu walidacyjnego. Oceniliśmy działanie klasyfikatora w niezależnym zestawie biopsji (n = 48) podjętych w celu oznaczenia klinicznego ponad rok po przeszczepie na University of Minnesota, z charakterystyką pacjenta oraz cechami klinicznymi i histologicznymi podobnymi do opisanych w badaniach opisanych powyżej . W tej populacji wystąpiło 11 ubytków przeszczepu, a średni czas obserwacji wynosił 406 dni. Oceny ryzyka obliczono, dostarczając klasyfikator zbudowany z naszego głównego zestawu danych z wartościami ekspresji genów ze zbioru danych Minnesota. Związek wyniku ryzyka molekularnego z utratą przeszczepu, wykresy Kaplana-Meiera grup wysokiego ryzyka i niskiego ryzyka (zdefiniowane przy użyciu progu ryzyka w głównym zbiorze danych) oraz krzywa ROC ilustrująca kompromis między czułością i swoistością (Ryc. 6 , A (C) wykazywały wyniki podobne do tych z pierwotnego zestawu danych. W analizie jednowymiarowej w tym zestawie walidacyjnym jedynie punktacja ryzyka molekularnego była istotnie związana z późniejszą utratą przeszczepu (P = 0,0004). Zatem wynik ryzyka był lepszy niż klasycznych predyktorów, takich jak IFTA i niski GFR. Rysunek 6Wykonanie klasyfikatora w niezależnym zestawie walidacyjnym. Na podstawie wyników klasyfikatora uzyskanych z 105 biopsji w naszym zbiorze danych, obliczyliśmy ocenę ryzyka dla każdej próbki w niezależnym zestawie biopsji (n = 48) o podobnych cechach klinicznych i histologicznych. (A) Ocena ryzyka w odniesieniu do utraty przeszczepu w zbiorze walidacyjnym, pokazująca próg ryzyka wyprowadzony z głównego (n = 105) zbioru danych. (B) Wykresy Kaplana-Meiera z 2 grup ryzyka w zbiorze walidacyjnym, z wykorzystaniem progu pokazanego na rysunku 6A. (C) Krzywe ROC ilustrujące czułość / swoistość ocen ryzyka w zbiorze walidacyjnym. Zastosowanie klasyfikatora do populacji pacjentów o niskim ryzyku utraty przeszczepu. Aby ocenić, czy wyniki wysokiego ryzyka zawsze przewidują ryzyko utraty przeszczepu, zastosowaliśmy algorytm klasyfikatora (w oparciu o późne biopsje) do zestawu biopsji pobranych w pierwszym roku po transplantacji, który miał bardzo małe ryzyko utraty przeszczepu podczas obserwacji w nasze badanie (ryc. 7). Spośród 73 wczesnych biopsji (<1 rok po przeszczepie) 44 (60%) miało wynik ryzyka powyżej progu wysokiego ryzyka z analizy późnej biopsji (czułość 1,00, specyficzność, 0,41, tabela 7). Jednak tylko 2 z tych przeszczepów następnie nie powiodło się. Oba te zostały faktycznie poddane biopsji późno w pierwszym roku, w 273 dni i 360 dni. Większość z pozostałych 42 wczesnych biopsji, które zostały sklasyfikowane jako obarczone wysokim ryzykiem, ale nie uległy uszkodzeniu podczas okresu obserwacji, zostały zdiagnozowane jako odrzucenie z udziałem komórek T (TCMR) (n = 8), graniczny TCMR (n = 4), nefropatia wirusa wielomianów (n = 3) lub ostra martwica cewek (n = 21) [hasła pokrewne: dieta wątrobowa lekkostrawna, pierwsze posiłki niemowlaka, zapalenie gardła u dzieci ] [przypisy: gops jabłonna, 23 114 jabłonna, powiększanie biustu tłuszczem ]